Один из хирургов, которого Джоэль убил в первой части (напомню, был выбор - убивать или не убивать) имеет дочку по имени Эбби. Резня в поселении Светлячков разрушила всю её жизнь, с тех пор она ищет отмщения. Она знала, кто такая Элли, потому что отец рассказывал, как учёные искали вакцину. О Джоэле Эбби узнаёт из записей Светлячков.
Секта (религиозный культ, члены которого именуют себя Серафитами) атакует поселение Элли, в котором Элли пытается строить отношения с Диной, при этом Дина беременна от Джесси (мужской персонаж азиатской наружности). Элли, Джесси и Дину отправляют выследить сектантов и убить их. Во время нападения Джесси убивают, и Элли находится в ярости. Она отправляется в Сиэттл, разыскивая злополучный культ и пытаясь стереть его с лица земли. Там она встречает Джоэля, который услышал новости о Джесси и пришёл помочь ей.
Эбби выслеживает Элли, с которой они находятся в контрах. Группа Эбби атакует парочку, Дина скорее всего погибает.
Эбби собственноручно забивает Джоэля до смерти клюшкой для гольфа (при этом выглядя, как смесь трансгендера и инопланетянина), забирает Элли в лагерь, думая, что дальше с ней делать - так как она не винит Элли за ту кровавую баню с культом. В итоге Элли перерезает глотки всей группе, и ей удаётся сбежать. Эбби предстоит её найти.
Вторую половину кампании мы играем за Эбби, которая охотится за Элли. Элли убивает членов культа и дальше, пока вы её ищете.
В конце Элли и Эбби сражаются не на жизнь, а на смерть. Играя за Эбби, вы убиваете Элли, и главная героиня уходит, понимая, что её "победа" ничего не стоит, так как всё, что она сделала - это потешила собственное эго, расправившись с Джоэлем и Элли, но при этом потеряв кучу дорогих ей людей. Концовка - это "цикл отмщения" с открытым финалом. Похоже, друзья Элли теперь будут выслеживать Эбби в ответ.