Протагонист, упоминается как Фантом и Джокер — главный герой Persona 5, учится во втором классе старшей школы Сюдзин, недавно переехал в Токио. Живёт в кафе у старого друга своих родителей. Имеет некую проблему, которая угрожает его будущему, если он её не разрешит. Несмотря на внешнее спокойствие и скромность, главный герой на самом деле бунтарь. По ночам берёт на себя роль главы банды Призрачных Похитителей Сердец, в которую входят его друзья. Первоначальная Персона — Арсен (отсылка к произведениям про Арсена Люпена), в бою использует ножи и пистолеты.
Энн Такамаки/Пантера — одноклассница главного героя и участница его банды. На четверть американка по происхождению, долгое время жила за пределами Японии. Несмотря на привлекательную внешность, у Энн нет друзей, она чувствует себя отстранённой и одинокой. Персона Энн — Кармен, в бою девушка использует хлысты и пистолеты-пулемёты.
Рюдзи Сакамото/Череп — одноклассник главного героя и участник его банды. Школьный хулиган и бунтарь, мечтает изменить общество. Именно Рюдзи подталкивает протагониста к созданию банды Призрачных Похитителей Сердец. Персона Рюдзи — Капитан Кидд. В бою использует железные трубы и дробовики.
Моргана — кошка, умеющая превращаться в некое антропоморфное существо-маскота. По словам разработчиков, играет центральную роль в сюжете игры. Направляет в развитии банду Призрачных Похитителей Сердец. Злится, когда её называют кошкой. Персона Морганы — Зорро, в бою персонаж использует мечи и рогатки.
Юсукэ Китагава/Инари — успешный ученик старшей школы Косэй, талантливый художник. Ученик легендарного художника Мадарамэ. Сирота с ранних лет. Персона Юсукэ — Гоэмон. В бою предпочитает использовать катану.
Макото Ниидзима — президент студсовета школы Сюдзин, обладает крайне острым чувством справедливости, ответственно подходит ко всем обязанностям. В бою пользуется кастетом и револьвером, начальная Персона — Иоанна.
Хару Окумура/Нуар — дочь ресторанного магната. Привлекательна, хитра, общительна, но на самом деле не ценит человеческие отношения. В бою пользуется алебардами и гранатомётами, стартовая Персона — Миледи.
Футаба Сакура/Нави — рыжеволосая девушка-хакер с нечеловеческими способностями к вычислениям. Служит для главных героев навигатором в подземельях. Персона — Некрономикон.