[Super-Ken]

Т.к. темы "сюжет Half-Life" и "Герои Half-Life" закрыты, сообщу здесь: Я уверен, что главный злодей - G-Man. Он выступает на стороне Combine, а может быть даже их главарем.
Причины моей уверенности:

• Combine, как известно воюют с Ксеном, так что G-Man мог подменить камень, чтобы проверить Гордона и убить Нихилианта, т.к. он - предводитель Ксенов.
• Он дал задание Гордону, чтобы тот убил Брина. Но это едва не привело к открытию суперпортала.
• Вортигонты помешали G-Man'у забрать Гордона, после чего тот спас мир.
• Аликс передала послание G-Man'а "Будь готов к непредвиденным последствиям". Он наверняка хотел, чтобы "Борей" не был уничтожен (мы это узнаем в Ep3, пока это догадка).