Что непонятного?) Существует мультивселенная с несчетным количеством миров\измерений. Все миры похожи, отличия в деталях. Для Букера существуют пары миров, в которых 2 главных отличия формируют сюжет игры:
1. Букер после битвы в Вунден-Ни принимает баптизм, становится Комстоком, встречает Розалинду Лютес, основывает Колумбию, становится бесплодным из-за опытов Лютес, и покупает Анну\Элизабет в другом мире. Комсток стареет быстрее из-за метастаз.
2. Букер после битвы в Вунден-Ни не принимает баптизм, не становится Комстоком, женится, у него рождается дочь Анна, а жена умирает при родах, проигрывает в карты, и чтобы расплатиться с долгами отдает свою дочь Комстоку. Через некоторое время раскаивается и делает шрамирование на правой руке "AD" - Anna DeWitt, уходит в запой. Затем Лютесы предлагают ему вернуть дочь. Он переходит в другой мир и "теряет" память. Начинается действие игры.
В конце Элизабеты топят всех Букеров во всех мирах во время крещения, чтобы уничтожить любую вероятность появления Комстока. Как с монетой, возможно 2 варианта - либо орел, либо решка. Чтобы избежать падения монеты, надо убрать ее совсем. Убив Букера Элизабет исчезает, т.к. без Комстока и она не могла стать тем кем стала.
Вроде бы плохая концовка, но после титров можно увидеть небольшую сценку, в которой Букер в офисе слышит плач Анны в соседней комнате. Появление Комстока всегда будет приводить к тому, что Элизабет будет убивать Букера до принятия баптизма, а следовательно Элизабет будет всегда уничтожать и себя (возможность своего появления) - парадокс. Решение парадокса - у Букера исчезает возможность принятия баптизма, он всегда отказывается креститься, всегда женится, всегда живет вместе с Анной. Хэппи энд. Конечно за исключением того, что Букер всегда играет в азартные игры и всегда в долгах
Мне только не понятно до конца откуда у Элизабет взялись ее способности. Возможно из-за опытов Лютесов. Где-то читал версию, что это из-за того, что части Элизабет находятся в разных мирах.