[Jackoozy]

Вот моя версия случившегося...
Действие Portal происходит в какой-то наземной лаборатории, принадлежащей Apperture. Нам известно, что GlaDOS уже пыталась отравить всех работников компании ядовитым газом. Видимо не все погибли т.к. кто-то же прикрепил к ИИ этот модуль милосердия. Те кто остались не могли (по тем или иным причинам) дольше терпеть эту сволочь ГлэДОС (видимо у неё все-же остались какие-то садистские замашки), и спроектировали Борей (скорее спроектировали они его раньше, но использовали только сейчас) для продолжения своих исследования, а GlaDOS из-за того что делать было нечего, продолжала эксперименты.
ЗЫ: На самом деле очень мало информации в наличии, так что это лишь догадки