[snowman312]

собственно сюжет, товарисчи.
Молодой товарищ Фримен(ученый, выпускник МИТа) получает повышение - его переводят в лабораторию телепортации. Работу ему дают естесственно убогую - подготовка материалов для экспериментов. В первый же день все идет наперекосяк - попытку открыть портал (с одного места на Земле в другое) засекают с другой стороны(те на кого работает Г-ман) и посылают на планету войска Межграничной зоны - сами Бенефакторы(Покровители, Благодетели - как только не переводили) воевать не собираются, они посылают на планету войска Ксена(или Зена). Фримен бежит из лаборатории, походу действа пачками кладет Зеновцев (учитывая что один десантник в думе покрошил миллион демонов, это можно считать небольшой игровой условностью), но Блек Меса - это огромная научная база, и просто так из нее не смоешься.
не помню хронологии, но :
1) фримен запускает ядерную ракету в направлении одного из порталов на земле(который участвовал в эксперименте) - не помогло
2) военным прибывшим на базу дали приказ убивать всех, включая персонал базы, когда же товарищ Шепард(Опоузинг Форсес) спросил, "а не охренели ли мы?" - он сам стал врагом, как и Фримен
3) один из ученых, сидящий в лаборатори над трупами солдат (с хедкрабами на голове), с ужасом восклицает - эта хреновина стала частью их нервной системы, и только она позволяет им жить. сложно представить, во что они превратятся, ведь большая часть их нервной системы уже нечеловеческая, вообще неземная! после этих слов один из зомби встает и убивает ученого.
4) доктор кляйнер предлагает фримену(раз он уже пережил столько %;№"!) самому отправится в мир Ксен и завалить Нихилата(замечу Кляйнер сам говорит о том, что вортигонты управляются одним существом - они не могут мыслить самостоятельно), с чем Фримен успешно справляется, завалив по дороге кучу боссов помельче. Нихилат - и есть Бенефактор! Радостные Вортигонты провозглашают Фримена богом, и переходят на сторону Землян. Фримену же Г-мен(внимательно следивший за похождениями ученого) делает предложение, от которого нельзя отказаться - работать на Г-мена. Суть работы не объясняется.

В это время из Лаборатории выбираются Барни(охранявший портальный эксперимент(Blue Shift)), спецназовец Шепард, чей вертолет потерпел крушение(сбит какими-то летающими хреновинами)(Opposing Forces) и Парочка Влюбленных(Azure Sheep).
Барни- абсолютно проходная компания, ловить в плане сюжета там нечего(ну разве что Барни задолжал Фримену за пиво). Шепард убивает кстати еще одного Бенефактора, поэтому его тоже нанимает на работу Г-мен, также не объясняя сути работы.

А вот Azure Sheep поинтересней! во-первых Валв попробовала делать ролики от третьего лица. Получилось убого и поэтому от них отказались.
во-вторых там конкретно объясняется как завоевали Землю и присутствуют сцены, в которых А) одна хреновина расшвыривает и спецназ, и охрану Месы, и танки одной левой Б) та же летающая хреновина, которая сбила вертолет Шепарда, сбивает прямо-таки эскадрилью истребителей - вот вам и супер-оружие, которым всех заколбасили.
и о ядерном оружии. в Азур Шип прямым текстом сказано, что кто-то(но мы0то знаем что фриман) взорвал одну из лабораторий, поэтому главгероям надо спешить - все сходится к тому что спецназ отзовут и лабораторию "стерилизуют". Однако главгерои не сдаются, в конце тырят один из военных джипов и уезжают из Блек Месы, открыв ворота! через эти ворота сразу же просачиваются войска Альянса.

О названии Альянс. Г-мен говорит Фримену в конце Хл1, что его организация ведет борьбу в Allied Forces по всему Межграничью.

главные вопросы : кто такой Г-мен и на кого он работает(и на кого получается работает Фримен??
где Шепард?
сколько лет прошло между Хл1 и Хл2?

по-моему довольно нормальные вопросы и ничего запутанного нет(кроме г-мена и его организации)