А у тебя файл называется именно prefs.xml, а не prefs.xml.txt? Просто некоторые забывают отобразить расширения файла. prefs.xml должен открываться через браузер и быть именно .xml, а не .xml.txt
Вот так выглядит у меня этот файл в браузере:
А вот так в блокноте:
Если это не помогает, то я не знаю, что даже предложить. Ведь именно этот файл отвечает за настройки. У меня все сохраняется и изменяется, даже не нужно ставить "только чтение"...