Если homebrew запуск очень важен, то попробуйте отформатировать карту памяти, не устанавливая freemcboot, проверить сохраняются ли игры или нет. Если нет, то вполне возможно что карта бракованная.
Если игры всё таки сохраняются, то поставьте еще раз freemcboot вот по
этой инструкции, и еще раз понаблюдать. Я склоняюсь к мысли, что либо карточка бракованная, либо вы что то установили неправильно, или уже успели попользоваться каким-нибудь homebrew.