У меня список скучный, в основном боссы - а не персонажи со своим характером, но всё-таки злодеи:
1) Белиал (BloodRayne).
С определённого момента становится совершенно неубиваем, если не стрелять строго в сердце. Если правильно помню, то он по сложности и не босс даже (пока маленький - можно очень быстро убить), хотя кат-сценой заявлен именно так на первый взгляд.
2) Амброз (Undying)
Та же история. Бой с ним обстрелом разных частей тела мог длиться бесконечно, и камень тогда я выбил наверно чисто случайно.
3) Алиса 16-я (Monster girl quest)
Хентай
но не о нём я. С начала квеста определённая как главное зло мира - потом г.г. видит что не так оно всё, и к концу второй части роль негодяя переходит к Иллиас. Хотя -_- может в третьей части что-то новое выяснится.
Все кого вспомнил сразу, обычно играю в жанры без яркой истории персонажей.