С 1401 года Гус читал проповеди в костёле св. Михаила, а в 1402 г. Гус был назначен настоятелем и проповедником частной Вифлеемской часовни в старой части Праги, где занимался в основном чтением проповедей на чешском языке, на которые собиралось до трёх тысяч человек. В этих проповедях Гус не только часто затрагивал повседневную жизнь (что было необычно в то время), но и открыто критиковал клир, феодалов и бюргеров. Хотя он критиковал церковь, он считал себя верным её членом, вскрывающим недостатки людей и служащим во благо церкви.

Еще в середине 1380-х в Чехии стали распространяться труды английского реформатора Джона Виклифа. Под влияние идей Виклифа попал и Гус. Во время Великого западного раскола (схизмы) в римско-католической церкви Гус был в числе тех, кто сохранял нейтралитет по отношению к противоборстующим сторонам.
В 1414 г. Гус был вызван на Констанцский собор, имевший целью объединить Римскую католическую церковь и прекратить Великий западный раскол, который к этому времени уже привёл к троепапству. Причем император Сигизмунд обещал Гусу личную безопасность. Однако, когда Гус прибыл в Констанц и получил охранную грамоту, оказалось, что Сигизмунд дал ему обычную подорожную грамоту. В присутствии папы (впоследствии признанного антипапой) Иоанна XXIII и членов Собора против Гуса выдвинули обвинение в ереси и организации изгнания немцев из Пражского университета. Ян Гус прибыл в Констанц в ноябре 1414 года, а в декабре он был арестован и заключен в одной из комнат дворца. Когда некоторые друзья Гуса обвинили Собор в нарушении закона и императорской клятвы о безопасности Гуса, папа ответил, что он лично ничего никому не обещал и не связан обещанием, которое дал император. Когда же императору Сигизмунду напомнили о данном им обещании, он отказался вмешиваться и защищать Гуса. Это принесло ему много неприятностей впоследствии, когда в 1419 г. он стал королем Чехии и был вовлечен в опустошительные Гуситские войны. Поначалу Гус отказывался говорить на допросах, и чтобы он начал говорить, ему зачитали смертный приговор, который можно было сразу же привести в исполнение, если Гус не будет защищаться. Вскоре Иоанн XXIII бежал из Констанца, так как собор потребовал его отречения. Это ещё сильнее ухудшило положение Гуса, который раньше содержался относительно почётно как пленник папы, а теперь был предан констанцскому архиепископу, который посадил его на хлеб и воду.

1 июля Ян Гус направил собору послание, в котором окончательно отказался отречься от своих убеждений. 6 июля 1415 г. Ян Гус, отказавшийся отречься от своих «заблуждений», по приговору собора был сожжён на костре. С его казнью связан ряд легенд; в частности, он якобы воскликнул «О, святая простота!» (O sancta simplicitas!) старушке, из благочестивых побуждений подложившей вязанку хвороста в его костёр, и предсказал появление через сто лет великого реформатора, чьи начинания не будут уничтожены (Мартина Лютера). Через некоторое время на костре был сожжён также Иероним Пражский, один из его сподвижников.

Гуситские войны — военные действия последователей Яна Гуса, а также между ними в Богемии (совр. Чехия) между 1420 и 1434 гг. По-видимому, это была первая европейская война, где широко использовалось огнестрельное оружие. Вооружённая мушкетами гуситская пехота нередко одерживала победы над гораздо более крупными соединениями тяжело вооружённых рыцарей. Первоначально Гуситы воевали против Габсбургов и их союзников, позднее их движение разделилось на умеренных («Чашников»), заключивших союз с Габсбургами, и радикалов («Таборитов»), потерпевших поражение.