Действие сюжета игры протекает одновременно с сюжетом фильма Матрица: Перезагрузка, и предлагает взглянуть на события, проиходящие в фильме под другим углом. Главными героями игры являются Ниобе и Призрак, второстепенные персонажи фильма Матрица: Перезагрузка.

В начале игры, игрок может выбрать, за какого персонажа он будет играть. Примечателен тот факт, что и у Ниобе, и у Призрака есть свой отдельный сюжет, а следовательно и специальные локации. Однако в некоторых эпизодах они пересекаются и выполняют миссии с друг-другом, в таком случае одним из персонажей управляет искусственный интеллект.

В качестве заставок между главами, используются кадры из фильма Матрица: Перезагрузка а также специально отснятый материал, с Энтони Вонгом и Джейдой Пинкетт-Смит.

Игра считается достаточно спорной, так как получала от критиков и игроков самые разнообразные оценки. Наиболее часто критике подвергалась устаревшая (даже по стандартам 2003 года) графика, а также различные баги и недоработки в игровом процессе. Но в то же время критики положительно отзывались об игровом саундтреке и внутренних видеороликах.

На протяжении пятидесяти уровней в игре восстанавливаются все основные сцены из всей трилогии «Матрица», а также присутствуют сцены, придуманные самими разработчиками.
В начале игры, игрок управляет Томасом Андерсоном, который ещё не обладает сверхсилой Нео. На протяжении игры, игрок будет постепенно получать новые приемы и обучаться новым техникам боя. Часть этих умений составляют приемы, использованные Нео в фильме, включая уклонение от пуль, остановка пуль, и полет. Кроме рукопашных схваток, в игре также присутствуют различные типы оружия, как рукопашное (различные типы мечей, палок, дубинок и т. п.), так и огнестрельное (штурмовые винтовки, полуавтоматические автоматы, пистолеты и т. д.).
Во время игры игрок может повстречать персонажей из фильмов, включая Тринити и Морфеуса.
От уровня к уровню игроку показываются видео-нарезки из фильмов, а также из «Аниматрицы» и из предыдущей игры «Enter the Matrix».
Интересно, что братья Вачовски, режиссёры фильмов и авторы сценария, изменили конец игры, сказав, что окончание «Матрицы: Революции» слишком «нелепое» для игры. В результате после боя со Смитом, игрок должен сразить Мега Смита — гигантскую ожившую скульптуру, собранную из обломков зданий, автомобилей и прочих следов разрушения. В финальных титрах играет мелодия «We Are the Champions» группы «Queen».

Фокус (замедление времени)
Замедляет время для проведения ещё более мощных ударов, более быстрого движения и для разглядывания следов пуль.

Уклонение от пуль
Имитирует уклонение от пуль из «Матрицы».

Остановка пуль (заменяет уклонение от пуль)
Останавливает летящие по направлению к игроку пули и отправляет их обратно.

Видение кода
Позволяет видеть код Матрицы и таким образом замечать врагов даже за стенами и определять уровень их здоровья.

Антигравитационный прыжок
Более высокий прыжок.

В начале игры игрок может узнать, что бы произошло, если бы Нео выбрал синюю таблетку.
Сцена в «Seraph’s Apology» — бой на столбах, очень похожа на финальное сражение в фильме Iron Monkey. Юэнь Ву Пин, постановщик трюков в Матрице, был режиссёром этого фильма.
В течение уровня «Seraph’s Apology» Нео и Сераф, увлеченные схваткой, попадают в кинозал. На экране позади них играет аналогичная сцена боя между Нео и Серафом в «Матрице: Перезагрузке». Во время боя неожиданно появляется недовольный зритель и говорит Нео и Серафу убираться прочь. Зрителя можно убить, бросив в его сторону метлу.
Когда Тринити наставляет на Агента пистолет на уровне на крыше, она говорит «Нам не нужно это», тогда как в фильме она говорит «Попробуй уклонись».
Несколько уровней из игры похожи на известные Гонконгские боевики (Пьяный мастер 2, Круто сваренные (фильм), Iron Monkey).

Побольше скринов тут - http://media.ps2.ign.com/media/696/696714/imgs_1.html