В Wolfenstein 3D игрок управляет солдатом, пытающимся бежать из одноимённой нацистской крепости; ему противостоит множество вооружённых охранников и сторожевых собак. Здание наполнено потайными комнатами, где хранятся разного рода драгоценности, пищевые продукты и медицинские аптечки, а также различное оружие и боеприпасы.

Wolfenstein 3D была выпущена как shareware, в связи с чем игра разошлась по миру огромным количеством копий. Бесплатная версия игры содержала только один эпизод («Escape from Wolfenstein»), состоявший из 10 уровней (этажей). Коммерческий выпуск игры насчитывал три эпизода, включая первый (новыми эпизодами были «Operation: Eisenfaust» и «Die, Fьhrer, Die»), а также набор дополнительных эпизодов «The Nocturnal Missions» (содержащий «A Dark Secret», «Trail of the Madman» и «Confrontation»). Таким образом, общее количество уровней Wolfenstein 3D составляло 60, по десять уровней в каждом эпизоде.

В конце эпизода игроку предстояла схватка с «финальным боссом» — особенно сильным противником, для победы над которым требовалось немало усилий со стороны игрока. Для прохождения эпизода достаточно завершить только 9 из 10 уровней. Где-то в восьми первых миссиях каждого эпизода находятся замаскированные выходы на секретный 10-й уровень. Такой уровень в третьем эпизоде прославился тем, что представлял собой одну из вариаций известной игры Pac-Man с той лишь разницей, что на привидений игрок смотрел с точки зрения Пакмана.

К Wolfenstein 3D вышел приквел (предыстория) Spear of Destiny.

Первые три эпизода повествуют о попытке Уильяма «B.J.» Блажковича бежать из замка Вольфенштайн и свергнуть нацистский режим.

Вооружённый поначалу лишь ножом и пистолетом (отобранных в борьбе у охранника его камеры) B.J. стремится бежать из замка. Убивая офицеров «CC», он получает автомат, а затем и ручной пулемёт, сталкиваясь в конечном итоге с последним стражем — Хансом Гроссом (Hans Grosse, «Большой Ганс»).

Уничтожив Гросса и покинув замок Wolfenstein, B.J. приступает к выполнению операции «Железный кулак» («Operation: Eisenfaust»). С самого начала становится ясно, что действие происходит не в тюрьме: стены покрыты мульчей, главными врагами Блажковича становятся серокожие (каменнокожие?) мутанты с автоматом, имплантированным в грудную клетку. Операцией «Железный кулак», по-видимому, также назывался проект по выращиванию таких мутантов; босс эпизода, доктор Шаббс (Dr Schabbs), бросает в вас шприцы. Его смерть знаменует собой конец биологической войны. На восьмом уровне в секретной комнате спрятан один Ханс Гросс и надпись «Apogee» (на самом деле в секретном лабиринте скрывается еще один Ханс Гросс - итого их два на 8 уровне второго эпизода).

«Die, Fuhrer, Die!» — это хронологически последний эпизод. Пробившись сквозь ряды нацистских солдат и атаковав бункер, расположенный под Рейхстагом, игрок имеет удовольствие сразиться с финальным боссом, в роли которого выступает Адольф Гитлер, закованный в огромные механические доспехи.

«The Nocturnal Missions» представляют собой приквел, повествующий о разработке нацистами химического оружия.

В эпизоде «A Dark Secret» игрок охотится за учёным, непосредственно разрабатывавшим это оружие; задача B.J. состоит в том, чтобы проникнуть в исследовательские лаборатории и уничтожить доктора Отто Гифтмахера (Dr. Otto Giftmacher, в переводе с немецкого «Изготовитель яда»), который пытается уничтожить B.J. из ручной ракетницы. На секретном уровне Вас ожидают офицеры-невидимки.

«Trail of the Madman» — это эпизод, отличающийся самыми изысканными интерьерами. Игрок должен выкрасть планы химической войны (Giftkrieg), которые охраняет Гретель Гросс (Gretel Grosse), сестра Ханса. Она выглядит примерно так же, как брат, только одета в розовое, а не синее. Повсюду развешаны портреты Гитлера (в том числе мозаичные), символизирующие вершину его могущества. Все этажи богато и роскошно украшены.

История заканчивается эпизодом «Confrontation», который подводит итог всему, с чем сталкивался игрок на протяжении всей игры. Здесь есть мутанты, Pac-Man и ещё три Гросса, идентичных Хансу (все на секретном уровне). Финальный бой происходит между B.J. и идеологом химической войны, её руководителем и просто «плохим дядей» генералом Феттгезихтом (General Fettgesicht, в переводе с немецкого «Жирномордый»).

Следует отметить, что, несмотря на сюжет, игра, даже если отбросить научно-фантастическую часть, не имеет никакого отношения к реальным нацистским планам и сооружениям. Дизайн интерьера игрового мира полностью вымышлен. По крайней мере три уровня имеют планировку в виде свастики, в том числе один уровень представляет собой несколько свастик, вложенных друг в друга, и на одном из уровней третьего эпизода оставили свои инициалы Джон Ромеро и Том Холл. Тем не менее сюжет игры опирается на реальные, тщательно спланированные, побеги захваченных в плен солдат антифашистской коалиции из подобных тюремных казематов, как, например, замок Колдиц. Также нелишне вспомнить побег знаменитого писателя Станислава Ежи Леца, который в свое время, подобно нашему герою, зарубил лопатой эсэсовца, забрал его оружие и форму и совершил побег.

Примечание. Происхождение фамилии героя игры Blazkoviсz некоторые игроки относят к польскому слову «блазковица» (молния). Согласно этой версии, она не имеет фамильного окончания «-ович» (не «Молниёвич», а «Молний») и на русском должна также транскрибироваться как «Блазковиц», без перевода фамильного окончания.

В Wolfenstein 3D по сравнению с современными играми сравнительно небольшой выбор стрелкового оружия. В игре присутствуют:

Нож — последняя надежда героя, малоэффективное, но бесшумное оружие ближнего боя. Бесшумность его, впрочем, проявляется только при ударе по воздуху, так как стон раненного им солдата рассматривается «движком» как активирующий звук (впоследствии, в Return to Castle Wolfenstein, за счет отказа от этого эффекта появились элементы поджанра стелс, на которых основывается целый эпизод игры).

Пистолет Люгера — более известный как «Парабеллум» — первое оружие, которое позволяет чувствовать себя уверенно. Пистолет имеет низкий темп стрельбы, однако он очень эффективен против немецких солдат. Но не стоит забывать, что он не столь эффективен против боссов.

Автомат МР-40 — Первое оружие, с которым, хотя бы с трудом, но можно одолеть боссов. В оригинальной игре такая потребность нигде не возникает — боссовые уровни имеют секреты с пулеметами.

Ручной шестиствольный пулемёт — аналога в реальности не имевший (если не считать безуспешных попыток General Electric приспособить XM134 для пехоты, не вышедших за пределы лабораторий).

Немецкая овчарка

Описание: эти собаки выдрессированы специалистами СС. Они довольно быстры, но если они находятся на большом расстоянии от вас, то не представляют опасности.
Тактика уничтожения: легко уничтожить с помощью ножа, но если их много, лучше использовать пистолет. При недостатке патронов займите место с ножом в узком проходе (двери), где вас могут атаковать только спереди.
Число выстрелов или ударов ножом для уничтожения: 1 выстрел или 1 удар ножом
Фразы: Woff (когда замечает игрока),Off (когда умирает)

Немецкий солдат

Описание: солдаты довольно слабы и медленны. Это обычные противники, которые будут встречаться почти везде. Солдаты могут создать проблемы только в больших скоплениях.
Оружие: пистолет
Тактика уничтожения: использовать либо пистолет, либо автомат, когда солдат много. Пулемёт производит несколько больше лишних выстрелов, однако, как правило, количество трофейных боеприпасов все равно намного превышает количество затраченных.
Число выстрелов или ударов ножом для уничтожения: 1 выстрел в упор,2 издали, 3 при плохом прицеливании или 2(3) удара ножом
Фразы: когда замечает: Achtung! (Тревога!)
когда умирает: разнообразные крики

Боец СС

Описание: Более опасные противники. Вооружены мощным автоматом и защищены бронежилетом. В группах представляют реальную угрозу.
Оружие: автомат
Тактика уничтожения: использовать автомат и быть осторожным в непосредственной близости от бойцов СС. Однако, одиночного противника можно без труда зарезать, поскольку он весьма нестоек к боли и медлителен. Старайтесь прятаться за углы так, чтобы простреливаемая линия соединяла вас только с одним из них.
Число выстрелов или ударов ножом для уничтожения: 8(9) выстрелов или 11(12) ударов ножом
Фразы: когда замечает: Schutzstaffel (Эсэс!)
когда умирает: Mein Leben (Моя жизнь!)

Мутант

Описание: мутанты были созданы доктором Шаббсом. Они очень сильны и быстры.
Оружие: скорострельный пистолет
Тактика уничтожения: использовать автомат или пулемет, в крайнем случае пистолет. Нож бесполезен из-за их быстроты.
Число выстрелов или ударов ножом для уничтожения: 4-8 выстрелов или 10 ударов ножом
Фразы: замечая вас, не подает голосу.
когда умирает:Аааааарррр!..

Офицер

Описание: нацистские офицеры намного сильнее обычных немецких солдат, они также очень быстры. В группах с бойцами СС очень опасны
Оружие: мощный пистолет
Тактика уничтожения: аналогична мутантам
Число выстрелов или ударов ножом для уничтожения: 2-5 выстрелов или 7 ударов ножом
Фразы: когда замечает: Spion! (Шпион!)
когда умирает: Nein, so vas (Нет, не так!)

Ханс Гросс (Большой Ганс)

Описание: брат Гретель, огромный нацистский супермен, охраняющий выход из замка Вольфенштейн.
Оружие: два пулемёта
Тактика уничтожения: использовать пулемёт. Обстреливать либо с расстояния (ваши выстрелы с расстоянием слабнут медленнее, чем вражеские), периодически уходя подлечиться, либо (при дефиците боеприпасов) набрасываться из-за угла, расстреливать в упор кусок ленты, пока он не успел вскинуть оружие и ответить, и шарахаться за угол от ответного огня. После 5-8 таких наскоков он умрёт.
Число выстрелов для уничтожения: 60 при атаке наскоками
Фразы:
когда видит: "Guten Tag!!" ("Добрый День!!")
когда умирает: "Mutti..." ("Ммммама...")

Доктор Шаббс

Описание: доктор, нанятый Гитлером для создания армии мутантов. В отличие от других противников, вооружён шприцом. Если игрок будет убит им, лицо на интерфейсе посереет, как у мутантов.
Оружие: шприц, отнимающий по 25% здоровья
Тактика уничтожения: держаться на средней дистанции, а также стрейфиться (уклоняться вбок, англ. strafe) от его огня, перемежая движения короткими очередями.
Число выстрелов для уничтожения: около 50
Фразы:
когда видит: "Huhuhuhuhuhuhahahaha!!"
когда умирает: "Arrghh!! Mein Gott Im Himmel!!" ("Аааа, боже мой, отец небесный!")


Описание: имитатор реального Гитлера. Не босс как таковой, но очень сильный враг. Они появляются только в третьем эпизоде, на девятом этаже, охраняя секретный бункер Гитлера.
Оружие: Огненные шары
Тактика уничтожения: отступить, использовать пулемёт, и стрейфиться (англ. strafe)
Число выстрелов для уничтожения: 30
Фразы:
когда видит: "Toten Hund!"(*) ("Мертвая Собака!")
когда умирает: "Hahahahahaha"

Адольф Гитлер

Описание: лидер нацистского режима, появляется в бронированном костюме
Оружие: четыре пулемёта, после уничтожения костюма — два пулемёта
Тактика уничтожения: уничтожить вначале его прикрытие, затем действовать аналогично Гансу, но с поправкой на его высокие скорострельность и живучесть. После уничтожения его бронекостюма оставшаяся задача весьма проста.
Число выстрелов для уничтожения: 70 для костюма, 40 без него
Фразы:
когда видит: "Die, Allied Schweinhund!" ("Умри, Союзнический Свинопёс!")
когда разрушена защита: "ScheiЯe!!!" ("Дерьмо!!!")
когда умирает: "Eva, Auf Wiedersehen..." ("Прощай, Ева...")

[center]Отто Гифтмахер(Отто Изготовитель Яда)[center]
Описание: изготовитель ядов и учёный химической войны.
Оружие: ракетница
Тактика уничтожения: стрейфиться (англ. strafe) от ракет, перемежая очередями (аналогично Шаббсу), эффективен также наскок из-за угла аналогично Гансу, т.к. ракетницу он вскидывает довольно медленно.
Число выстрелов для уничтожения: 50
Фразы:
когда видит: "Eine Kleine Amerikaner!" ("Маленький Американец!")
когда умирает: "Donnerwetter!!" ("Доннерветтер!" и есть, то бишь "Громы и молнии!")

Гретель Гросс(Большая Гретель)

Описание: сестра Ханса Гросса, охраняет ключ к комнате с планами.
Оружие: два пулемёта
Тактика уничтожения: аналогично Гансу.
Число выстрелов для уничтожения: около 55
Фразы:
когда видит: "Kein Durchgang!" ("Нет прохода!")
когда умирает: "Mein BuЯen..." ("Мои censored...")

Генерал Феттгесихт(Генерал Жирномордов)

Описание: генерал, управляющий химическими атаками на союзников. Финальный босс Nocturnal Missions.
Оружие: пулемёт и ракетница
Тактика уничтожения: стрелять и стрейфиться (англ. strafe)
Число выстрелов для уничтожения: 70
Фразы:
когда видит: "Erlauben Sie, Bitte..." ("Позвольте-ка мне, пожалуйста...")
когда умирает: "Roseknospe!" ("Розовый Бутон!". Отсылает к цитате из фильма «Гражданин Кейн».)

В процессе работы над Wolfenstein 3D сотрудники id Software придумали немало названий для своего 3D-шутера. Среди них: Castle Ochtenstein, Luger’s Run, The Fourth Reich, Adolph’s Bane, Hard Cell, Luger Me Now, Tank You Very Much, Castle Hasselhoff, How Do You Duseldorf?, Castle Verlassen, Sturmwind, Hollehammer, Shattensendener, Geruchschlect, Dolchteufel, Grabgrabbener, Eisenschwert и Dammerung. В конечном итоге компания приобрела права на торговую марку у создателя аркады Castle Wolfenstein (Волчекаменский Замок).

Первоначальная концепция Wolfenstein 3D предусматривала массу тактических возможностей, почерпнутых из оригинальной игры, включая перенос тел, переодевание во вражескую форму, бесшумное уничтожение противников ловким ударом в спину и другие атрибуты современных стелс-игр. Несмотря на то, что все вышеперечисленные возможности были реализованы программистами id Software, от них отказались, поскольку они затягивали геймплей и делали управление игрой невыносимо сложным.

Wolfenstein 3D — первая игра, использующая ExMx (иначе, «ExLx») — единый способ наименования уровней. Первый x обозначает номер эпизода, второй — номер карты или уровня. Например, «E1M4» — это четвёртый уровень первого эпизода.

Третий уровень шестого эпизода Один из уровней Wolfenstein 3D, просматриваемый в редакторе уровней, полностью состоит из свастик.
Порт на Apple II — единственная версия игры, где немецкая речь записана носителями языка. Другие версии содержат немецкие фразы с неправильными артиклями и использованием прилагательных.
Wolfenstein 3D — первая игра, где использовался шестиствольный пулемёт Гатлинга.

Том Холл сначала не хотел работать над игрой. Он строил планы на счет другого Commander Keen (намекая об этом в конце последнего), но Джон Кармак и остальные убедили Холла сделать игру, основанную на движке Catacomb 3D.

Тот факт, что в игре, в отличие от многих других шутеров, пистолет и автомат используют одинаковые патроны, имеет реальное объяснение: люгер-парабеллум и МР-40 действительнло использволи один типа патронов — 9Ч19 мм Парабеллум. Это связанно с тем, что МР-40 относится не к штурмовым винтовкам (как классические автоматы наподобие Калашникова и M-16), а к пистолет-пулемётам (как и современный MP5).

Использование тех же самых патронов и для пулемёта объясняется в игре Return to Castle Wolfenstein, где в одной из секреток спрятан секретный документ к 7-миллиметровому 6-ствольному пулемёту Venom, в котором, помимо описания ТТХ Venom’а, содержится упоминание прототипа, использующего маломощные патроны, что явно подразумевает пулемёт из Wolfenstein 3D.