Ну во-первых, Ликвиду, как наследнику ББ, было намного легче подчинить себе крупнейшие в мире PMC. Плюс сам Оцелот автоматически оказывается в выгодном положении - "Ничего не знаю, моя хата с краю. Поставил себе руку Ликвида, а она вот чего исполняет...". Во-вторых, алгоритмы ИИ практически невозможно было просчитать и, соответственно, предвидеть их последующие действия. Поэтому единственным вариантом для Оцелота было построить череду событий таким образом, чтобы Патриоты действовали по уже отработанной и знакомой ему схеме, а именно операция на Шэдоу Мозес.Тут мнения расходятся. Кто-то за первый вариант (реальные припадки из-за наномашин в руке Ликвида, которую Оцелот впоследствии отрезал; всевозможные вещества и самогипноз, дабы вызвать раздвоение личности), кто-то за второй.

1. Оцелот реально поверил, что он Ликвид - поехал крышей. Но зачем Ликвиду уничтожать Патриотов, собрав огромную армию PMC? Ликвиду до Патриотов никакого дела же нет, уничтожить их ради своего друга Биг Босса и местонахождения Зеро хотел именно Оцелот, а не Ликвид.
2. Оцелот притворялся Ликвидом. Зачем? в чем "соль" одурачивания Системы? в чем он ее одурачил, притворившись Ликвидом во время событий MGS4? И да, с Оцелотом работала Наоми, которая создала мега-вирус, который и без уничтожения JD прямо через GW смог стереть всю сеть Патриотов. Тогда зачем Оцелот вообще хотел взорвать JD? Он ведь уже захватил Арсенал с GW на борту. И даже получил к нему доступ, взяв ДНК Биг Босса (ок, Солидуса, но клоны идентичны) в Европе. Все, что ему оставалось сделать, это просто воткнуть флешку с вирусом Наоми. Зачем было плыть к спутнику, стреляться с членами экипажа Мей Линг и т.п.? Ведь все можно было закончить еще в Европе.
И зачем он вообще мешал Снейку уничтожить GW? Или Ликвид не знал это? Ну, Наоми наверняка ему сказала - ей нет смысла молчать об этом. Тогда зачем пытался раздавить Снейка кораблем на Шэдоу Мозес и после не давать ему подойти к GW?

Как это? Уничтожение системы, которая вертит солдатами как ей заблагорассудится, это как раз самое что ни на есть видение Аутер Хэйвена от Ликвида, которое он разжевал еще в конце первой части. Сюда же входят Патриоты, те, кто подобную систему создал, и программа SOP до кучи.Таким образом он заставил Патриотов действовать по алгоритму Шэдоу Мозеса, когда Ликвид точно также пытался их уничтожить.Что было бы бессмысленно, ибо Наоми не успела закончить работу над вирусом. А необходимые навыки для написания компьютерного "червя" были только у Эммы и Санни.Просто Солид был важен для Ликвида ровно до тех пор, пока последний не получил доступ к Рэксу и рейлгану. До этого он просто-напросто использовал Солида для подстраховки, и если бы у него ничего не вышло с пушкой, дело завершил бы Солид с вирусом.

Оцелот перед последней битвой уже понял, что он заражен Foxdie (ведь разыгрывая Ликвида, он хотел, чтобы система работала по схеме Shadow Moses = понимал, что Патриоты снова заразили Снейка вирусом) и просто решил померяться силой с Солидом, как с сыном Биг Босса, в виду своего характера (судя по третьей части соревноваться Оцелот любил), понимая, что ему все равно конец, а даже если он добьет Солида, то план уже завершен в любом случае?

1. Как Снейк оказался на крыше Арсенал Гира после того, как потерял сознание возле GW? Когда он очухивается, он видит Отакона, который убегает за помощью - ок, Отакон его вытащил оттуда, но после подходит Оцелот, а Снейк оказывается на крыше корабля, а после боя с Оцелотом, Отакон пролетает рядом на веротолете. Как так получилось? Вырезать Отакона из момента пробуждения и все было бы логично - Оцелот вытащил Снейка на крышу и они сразились там. Но вот Отакон, который сначала убегает, а потом пролетает рядом на вертолете как-то портит логическую цепочку, либо я опять чего-то не вижу.

2. После уничтожения GW и всей сети Патриотов Система рухнула и FROGS по понятным причинам начало плющить (из эпилога мы узнаем, что не только их - у многих наблюдаются проблемы с психикой после обрушения Системы), но почему это никак не затронуло Мерил? Почему плющить начало только FROGS в сцене обороны прохода к GW?

Насколько я помню, Отакон вытаскивает Снейка из серверной на палубу (не на крышу), убегает за медиком, а Снейк, лежа на палубе, видит расплывчатые очертания крыши AG и Ликвида, который затаскивает его на крышу. Вроде так...Я где-то вычитывал, что уничтожение SOP в целом никак затрагивает ни армии, ни PMC и лишь какой-то небольшой процент солдат пострадал от отключения. Видать Мэрил и ее отряд попали в больший процент, а Фрогсы соответственно в меньший.

Почему в начале мгс 4 Солид Снейк стоит как я понимаю у могилы Босс?
Как он может знать о её роли, если как говорится в конце мгс3 об этом могут знать только Нейкид Снейк и сама Босс?